Cái tên dinh Trấn Biên thay bằng dinh Phú Yên năm nào cũng không ai rõ. Chỉ biết năm 1688, Phủ Biên tạp lục ghi: Chúa Nguyễn Phúc Trân "sai phó tướng dinh Trấn Biên là Vạn Long hầu làm Thống binh… Thủ hợp Chính dinh là Văn Vy làm Tham mưu vào cửa biển Mỹ Tho… đánh phá lũy của Hoàng Tiến…" [8]

Đại Nam thực lục tiền biên chép: năm 1689, "…Chúa bèn sai Hữu Hào làm thống binh… Nguyễn Thắng Sơn làm tiên phong, kén thêm quân ở Phú Yên, Thái Khanh và Phan Rí để tiến đánh Chân Lạp…" [9].

Như vậy, đến năm 1688 Phú Yên không còn làm nhiệm vụ trấn biên nữa, và đến năm 1698, khi Nguyễn Hữu Cảnh lấy đất Nông Nại đặt làm Gia Định phủ, lập xứ Đồng Nai làm huyện Phước Long, dựng dinh Trấn Biên, lấy đất Sài Gòn làm huyện Tân Bình, dựng dinh Phiên Trấn[10], thì vai trò trấn biên chuyển về cho dinh Trấn Biên mới.